São nove categorias: Micro e Pequena Empresa, Média Empresa, Grande Empresa (apenas na etapa nacional), Instituição de Ciência e Tecnologia, Tecnologia Social, Inventor Inovador, Tecnologia Assistiva, Inovação Sustentável e Inovar Fundos – também restrita à etapa nacional e dividida em três subcategorias – Governança, Equipe e Operação.
Após a inscrição, haverá uma etapa de pré-qualificação, na qual será feita uma análise quanto ao preenchimento do formulário, bem como em relação de atendimento ao perfil, às condições de participação e às categorias previstas no regulamento. Em seguida, durante o julgamento regional, as propostas pré-qualificadas serão avaliadas por comitês de jurados compostos por especialistas, representantes de instituições inovadoras, do setor empresarial e da FINEP. Os vencedores de cada região serão premiados em uma cerimônia conjunta, realizada no Rio de Janeiro. Os primeiros colocados nessa fase concorrem à final nacional, que ocorrerá no Palácio do Planalto, em Brasília. Durante o mês de abril, haverá, também, dois workshops para parceiros do Prêmio.
O Prêmio FINEP é o mais importante instrumento de estímulo e reconhecimento à inovação no País. Desde 1998, já premiou mais de 500 empresas, instituições e pessoas físicas, sendo responsável pela projeção dos contemplados não apenas no Brasil, como no exterior. Em 2012, houve 588 inscrições.